CCDC ConQuest: uma ferramenta poderosa para pesquisar o banco de dados estrutural de Cambridge
Se você estiver interessado em explorar o conhecimento estrutural de pequenas moléculas e suas interações, talvez queira conferir o CCDC ConQuest, uma ferramenta de software que permite realizar pesquisas 3D avançadas de estruturas no Cambridge Structural Database (CSD). O CSD é o maior e mais abrangente repositório com curadoria de estruturas cristalinas orgânicas e metal-orgânicas, contendo mais de um milhão de entradas de análises de raios-X e difração de nêutrons. O CCDC ConQuest fornece acesso fácil e conveniente a essa riqueza de informações, permitindo que você realize pesquisas mais avançadas do que o WebCSD, incluindo contexto e correspondência de critérios. Neste artigo, apresentaremos os recursos e benefÃcios do CCDC ConQuest, mostraremos como baixá-lo e instalá-lo e orientaremos você através de alguns exemplos de como usá-lo em sua pesquisa.
O que é CCDC ConQuest?
O CCDC ConQuest é uma ferramenta de software que permite pesquisar o CSD usando uma variedade de opções, como subestrutura quÃmica, referência, célula unitária e termos de texto. Você também pode pesquisar por polimorfos e subconjuntos conhecidos, como estruturas metálicas orgânicas (MOFs), cocristais ou produtos farmacêuticos. O CCDC ConQuest permite especificar restrições quÃmicas, como carga, estado de hibridação e ciclicidade, bem como parâmetros geométricos 3D, como comprimentos de ligação, ângulos, torções e enrugamento do anel. Você também pode explorar contatos intermoleculares, como ligações de hidrogênio, ligações de halogênio, interações pi-pi e padrões farmacofóricos. Além disso, você pode vincular seus dados proprietários à s entradas CSD, para obter uma visão completa do seu sistema de interesse.
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Download: https://ssurll.com/2vQOtO
Uma das principais vantagens do CCDC ConQuest é que ele é integrado ao conjunto de ferramentas de software CCDC que usa algoritmos poderosos para análises adicionais dos resultados de sua pesquisa.Essas ferramentas incluem Mercury, GOLD, Mogul, IsoStar e muito mais. Você pode exportar facilmente seus resultados de pesquisa para essas ferramentas e executar tarefas como visualização de estrutura cristalina, encaixe de ligante de proteÃna, análise de geometria molecular, análise de interação intermolecular e muito mais. Discutiremos essas ferramentas com mais detalhes posteriormente neste artigo.
Como baixar e instalar o CCDC ConQuest
Para baixar e instalar o CCDC ConQuest, você precisa ter uma licença atual para os dados e software CSD. Se você é um usuário acadêmico, pode se registrar gratuitamente . Depois de obter os detalhes da sua licença, você pode seguir estas etapas:
Vou ao página no site do CCDC.
Clique em "Solicitar links de download" e insira os detalhes da sua licença.
Você receberá um e-mail com links para baixar o portfólio completo da CSD, incluindo o banco de dados e todas as ferramentas de software.
Clique no link para CCDC ConQuest e salve o arquivo em seu computador.
Execute o instalador e siga as instruções na tela.
Quando a instalação estiver concluÃda, inicie o CCDC ConQuest na área de trabalho ou no menu Iniciar.
Você também pode assistir a um tutorial em vÃdeo passo a passo .
Como usar o CCDC ConQuest para pesquisa 3D avançada de estruturasComo usar o CCDC ConQuest para pesquisa 3D avançada de estruturas
O CCDC ConQuest oferece uma interface amigável que permite realizar vários tipos de pesquisas no CSD. Você pode acessar as opções de pesquisa na barra de ferramentas ou na barra de menus. Aqui estão alguns exemplos de como usar o CCDC ConQuest para pesquisa 3D avançada de estruturas:
Pesquisa de subestrutura quÃmica
Uma pesquisa de subestrutura quÃmica permite encontrar todas as estruturas no CSD que contêm um fragmento ou grupo de átomos especÃfico. Você pode desenhar a subestrutura usando o sketcher embutido ou importá-lo de um arquivo. Você também pode especificar restrições quÃmicas adicionais, como carga, estado de hibridização e ciclicidade.Para realizar uma pesquisa de subestrutura quÃmica, siga estas etapas:
Clique no Ãcone "Subestrutura" na barra de ferramentas ou selecione "Pesquisar > Subestrutura" na barra de menu.
Desenhe ou importe sua subestrutura na janela do sketcher. Você pode usar as ferramentas no painel esquerdo para modificar seu desenho.
Clique na guia "Restrições" para adicionar quaisquer restrições quÃmicas à sua subestrutura. Você pode usar os menus suspensos e as caixas de seleção para selecionar as opções desejadas.
Clique no botão "Pesquisar" para iniciar a pesquisa. Você verá uma barra de progresso e uma mensagem indicando quantos resultados foram encontrados.
Quando a pesquisa estiver concluÃda, você verá uma lista de ocorrências na janela de resultados. Você pode classificar, filtrar e exportar os hits como desejar.
Você também pode assistir a um tutorial em vÃdeo .
pesquisa geométrica 3D
Uma pesquisa geométrica 3D permite encontrar todas as estruturas no CSD que correspondem a uma forma 3D especÃfica ou configuração de átomos. Você pode definir a geometria 3D usando coordenadas, comprimentos de ligação, ângulos, torções e enrugamento do anel. Você também pode especificar uma faixa de tolerância para cada parâmetro. Para realizar uma pesquisa geométrica 3D, siga estas etapas:
Clique no Ãcone "Geometria" na barra de ferramentas ou selecione "Pesquisar > Geometria" na barra de menu.
Insira ou importe sua geometria 3D na janela de geometria. Você pode usar as ferramentas no painel esquerdo para modificar sua entrada.
Clique na guia "Tolerâncias" para adicionar faixas de tolerância à sua geometria. Você pode usar os controles deslizantes e as caixas de texto para ajustar os valores.
Clique no botão "Pesquisar" para iniciar a pesquisa. Você verá uma barra de progresso e uma mensagem indicando quantos resultados foram encontrados.
Quando a pesquisa estiver concluÃda, você verá uma lista de ocorrências na janela de resultados. Você pode classificar, filtrar e exportar os hits como desejar.
Você também pode assistir a um tutorial em vÃdeo .
Pesquisa de contato intermolecular
Uma pesquisa de contato intermolecular permite encontrar todas as estruturas no CSD que possuem tipos especÃficos de interações entre moléculas, como ligações de hidrogênio, ligações de halogênio, interações pi-pi e padrões farmacofóricos. Você pode definir os contatos intermoleculares usando tipos de átomos, distâncias, ângulos e outros critérios. Para realizar uma pesquisa de contato intermolecular, siga estas etapas:
Clique no Ãcone "Contato" na barra de ferramentas ou selecione "Pesquisar > Contato" na barra de menu.
Selecione o tipo de contato que deseja pesquisar no menu suspenso. Você verá uma lista de modelos predefinidos para tipos comuns de contatos.
Selecione um dos modelos ou crie o seu próprio clicando em "Novo". Você pode editar o modelo alterando os tipos de átomos, distâncias, ângulos e outros critérios.
Clique no botão "Pesquisar" para iniciar a pesquisa. Você verá uma barra de progresso e uma mensagem indicando quantos resultados foram encontrados.
Quando a pesquisa estiver concluÃda, você verá uma lista de ocorrências na janela de resultados. Você pode classificar, filtrar e exportar os hits como desejar.
Você também pode assistir a um tutorial em vÃdeo .
Pesquisa de banco de dados de texto e numérico
Uma pesquisa de banco de dados de texto e numérico permite que você encontre todas as estruturas em Pesquisa de banco de dados de texto e numérico
Uma pesquisa de banco de dados de texto e numérico permite encontrar todas as estruturas no CSD que correspondem a um texto especÃfico ou termo numérico, como nome do autor, tÃtulo do periódico, ano de publicação, parâmetros de célula unitária, grupo de espaço e muito mais. Você pode combinar vários termos usando operadores lógicos, como AND, OR e NOT. Para realizar uma pesquisa de banco de dados de texto e numérico, siga estas etapas:
Clique no Ãcone "Texto/Numérico" na barra de ferramentas ou selecione "Pesquisar > Texto/Numérico" na barra de menus.
Insira ou selecione seu texto ou termo numérico na janela de texto/numérico. Você pode usar os menus suspensos e as caixas de seleção para escolher as opções desejadas.
Caso queira adicionar mais termos, clique no botão "Adicionar Termo" e repita o passo anterior.Você também pode alterar o operador lógico entre os termos clicando nele.
Clique no botão "Pesquisar" para iniciar a pesquisa. Você verá uma barra de progresso e uma mensagem indicando quantos resultados foram encontrados.
Quando a pesquisa estiver concluÃda, você verá uma lista de ocorrências na janela de resultados. Você pode classificar, filtrar e exportar os hits como desejar.
Você também pode assistir a um tutorial em vÃdeo .
Link para dados proprietários
Se você tiver seus próprios dados que deseja vincular às entradas CSD, poderá usar o recurso "Link Data" do CCDC ConQuest. Isso permite associar quaisquer dados externos, como atividade biológica, solubilidade, ponto de fusão, etc., com as estruturas CSD. Você pode usar esses dados para filtrar ou classificar os resultados da pesquisa. Para vincular seus dados proprietários às entradas CSD, siga estas etapas:
Prepare seus dados em um arquivo CSV com o seguinte formato: A primeira coluna deve conter o refcode CSD da estrutura que você deseja vincular. A segunda coluna deve conter o nome do campo de dados que você deseja vincular. A terceira coluna deve conter o valor do campo de dados. Você pode ter vários campos de dados para cada estrutura, mas cada campo deve ter um nome exclusivo.
Clique no Ãcone "Link Data" na barra de ferramentas ou selecione "Pesquisar > Link Data" na barra de menu.
Navegue e selecione seu arquivo CSV e clique em "Abrir". Você verá uma mensagem confirmando que seus dados foram vinculados com sucesso.
Para usar seus dados vinculados em suas pesquisas, clique na guia "Dados vinculados" na janela de pesquisa e selecione o campo de dados que deseja usar. Você pode inserir ou selecionar um valor ou intervalo para o seu campo de dados e clicar em "Pesquisar".
Você verá uma lista de ocorrências que correspondem aos seus critérios de dados vinculados na janela de resultados. Você pode classificar, filtrar e exportar os hits como desejar.
Você também pode assistir a um tutorial em vÃdeo .
Como analisar e visualizar resultados de pesquisa com ferramentas de software CCDC
Depois de realizar suas pesquisas com o CCDC ConQuest, você pode analisar e visualizar os resultados da pesquisa com outras ferramentas de software CCDC integradas ao ConQuest. Essas ferramentas incluem Mercury, GOLD, Mogul, IsoStar e muito mais. Você pode exportar facilmente seus resultados de pesquisa para essas ferramentas e executar tarefas como visualização de estrutura cristalina, encaixe de ligante de proteÃna, análise de geometria molecular, análise de interação intermolecular e muito mais. Aqui estão alguns exemplos de como usar essas ferramentas com seus resultados de pesquisa:
Mercúrio: Visualização e análise da estrutura cristalina
Mercury é uma ferramenta de software que permite visualizar e analisar estruturas cristalinas em 2D e 3D. Você pode usar Mercúrio para explorar vários aspectos das estruturas cristalinas, como elementos de simetria, motivos de empacotamento, redes de ligações de hidrogênio, geometrias de coordenação, elipsoides térmicos e muito mais. Você também pode gerar gráficos e animações com qualidade de publicação de estruturas cristalinas usando o Mercury. Para usar o Mercury com seus resultados de pesquisa da ConQuest, siga estas etapas:
Selecione uma ou mais estruturas de seus resultados de pesquisa no ConQuest.
Clique no Ãcone "Mercúrio" na barra de ferramentas ou selecione "Ferramentas > Mercúrio" na barra de menu.
Você verá uma nova janela com o Mercury lançado e suas estruturas selecionadas carregadas.
Você pode usar as ferramentas no painel esquerdo para manipular e analisar suas estruturas em 2D e 3D.
Você também pode usar os menus na barra superior para acessar mais recursos e opções no Mercury.
Você também pode assistir a um tutorial em vÃdeo .
OURO: Ancoragem e pontuação de ligante de proteÃna
O GOLD é uma ferramenta de software que permite realizar o encaixe e a pontuação do ligante de proteÃna usando um algoritmo genético. Você pode usar o GOLD para prever os modos de ligação e afinidades de pequenas moléculas para alvos de proteÃnas, bem como para classificar e comparar diferentes ligantes. Você também pode usar o GOLD para realizar triagem virtual de grandes bibliotecas de compostos contra alvos de proteÃnas.Para usar GOLD com seus resultados de pesquisa da ConQuest, siga estas etapas:
Selecione uma ou mais estruturas dos resultados da pesquisa no ConQuest que contenham um ligante e uma proteÃna.
Clique no Ãcone "GOLD" na barra de ferramentas ou selecione "Ferramentas > GOLD" na barra de menu.
Você verá uma nova janela com GOLD lançada e suas estruturas selecionadas carregadas.
Você pode usar as ferramentas no painel esquerdo para configurar e executar seus cálculos de encaixe e pontuação.
Você também pode usar os menus na barra superior para acessar mais recursos e opções no GOLD.
Você também pode assistir a um tutorial em vÃdeo .
Mogul: Análise de geometria molecular
Mogul é uma ferramenta de software que permite analisar a geometria molecular de pequenas moléculas usando dados estatÃsticos do CSD. Você pode usar o Mogul para verificar a validade e a qualidade de suas estruturas, bem como comparar e otimizar diferentes conformações. Você também pode usar o Mogul para gerar geometrias idealizadas para novas moléculas ou fragmentos. Para usar o Mogul com seus resultados de pesquisa da ConQuest, siga estas etapas:
Selecione uma ou mais estruturas dos resultados da pesquisa no ConQuest que contenham uma molécula pequena.
Clique no Ãcone "Mogul" na barra de ferramentas ou selecione "Ferramentas > Mogul" na barra de menu.
Você verá uma nova janela com o Mogul iniciado e suas estruturas selecionadas carregadas.
Você pode usar as ferramentas no painel esquerdo para analisar e modificar suas estruturas usando comprimentos de ligação, ângulos, torções e dados de enrugamento do anel do CSD.
Você também pode usar os menus na barra superior para acessar mais recursos e opções no Mogul.
Você também pode assistir a um tutorial em vÃdeo .
IsoStar: Análise de interação intermolecular
IsoStar é uma ferramenta de software que permite analisar as interações intermoleculares de pequenas moléculas usando dados estatÃsticos do CSD e do Protein Data Bank (PDB). Você pode usar o IsoStar para explorar como diferentes grupos funcionais interagem uns com os outros em vários ambientes, como em cristais, em solução ou em locais de ligação de proteÃnas.Você também pode usar o IsoStar para gerar modelos de farmacoforos para o design de medicamentos. Para usar o IsoStar com seus resultados de pesquisa da ConQuest, siga estas etapas:
Selecione uma ou mais estruturas dos resultados da pesquisa no ConQuest que contenham uma molécula pequena.
Clique no Ãcone "IsoStar" na barra de ferramentas ou selecione "Ferramentas > IsoStar" na barra de menu.
Você verá uma nova janela com o IsoStar lançado e suas estruturas selecionadas carregadas.
Você pode usar as ferramentas no painel esquerdo para selecionar um grupo central e um grupo de contato para sua análise de interação.
Você também pode usar os menus na barra superior para acessar mais recursos e opções no IsoStar.
Você também pode assistir a um tutorial em vÃdeo .
Conclusão
Neste artigo, apresentamos a você o CCDC ConQuest, uma ferramenta poderosa para pesquisar o Cambridge Structural Database (CSD). Mostramos como baixar e instalar o CCDC ConQuest e como usá-lo para pesquisa 3D avançada de estruturas usando várias opções, como subestrutura quÃmica, geometria 3D, contato intermolecular, banco de dados de texto e numérico e link para dados proprietários. Também mostramos como analisar e visualizar os resultados da pesquisa com outras ferramentas de software CCDC integradas ao ConQuest, como Mercury, GOLD, Mogul, IsoStar e muito mais. Esperamos que você tenha achado este artigo útil e informativo e que goste de explorar o conhecimento estrutural de pequenas moléculas e suas interações com o CCDC ConQuest.
perguntas frequentes
P: Como posso obter uma licença para CCDC ConQuest?
R: Se você é um usuário acadêmico, pode se registrar gratuitamente .
P: Como posso P: Como posso atualizar o CCDC ConQuest para a versão mais recente?
R: Você pode verificar atualizações clicando no menu "Ajuda" e selecionando "Verificar atualizações". Você verá uma mensagem informando se há uma nova versão disponÃvel. Se houver, você pode baixá-lo e instalá-lo seguindo as instruções na tela.
P: Como posso obter ajuda e suporte para o CCDC ConQuest?
R: Você pode acessar a ajuda e a documentação online clicando no menu "Ajuda" e selecionando "Ajuda ConQuest". Você também pode visitar o ou pelo telefone +44 (0)1223 336408.
P: Como posso citar o CCDC ConQuest em minhas publicações?
R: Você pode citar o CCDC ConQuest usando a seguinte referência: Groom, C. R., Bruno, I. J., Lightfoot, M. P., & Ward, S. C. (2016). O banco de dados estrutural de Cambridge. Acta Crystallographica Seção B: Ciência Estrutural, Engenharia de Cristal e Materiais, 72(2), 171-179.
P: Como posso compartilhar meus resultados de pesquisa com outras pessoas?
R: Você pode exportar seus resultados de pesquisa para vários formatos, como CIF, SDF, MOL2, PDB, PDF, CSV e muito mais. Você também pode salvar seus resultados de pesquisa como um arquivo ConQuest (.cqs) que pode ser aberto por outros usuários do ConQuest. Para exportar ou salvar os resultados da pesquisa, clique no menu "Arquivo" e selecione "Exportar" ou "Salvar como".
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